Ligniini on solujen sidosainepolymeeri, eli se on ikään kuin liimaa, joka pitää puun koossa. Ligniinin pitoisuus kasveissa vaihtelee, puussa sitä on n. 20-30%.
Paperin valmistus aloitetaan usein ligniinin poistamisella, sillä se aiheuttaa paperin kellastumisen. Ligniini on haitallista myös sen takia, että se sitoo selluloosan ja hemiselluloosan yhteen.
Paperiteollisuudessa ligniini yleensä poltetaan energiaksi, sillä se sitoo hyvin lämpöä. Myös muita käyttökohteita tutkitaan ja kehitetään jatkuvasti.